En el Parque Nacional Yasuní habitan 458 tipos de peces de agua dulce, distribuidas en 47 familias y 13 órdenes, lo que representa el 70 % de las especies conocidas para la cuenca del río Napo y el 21,9 % de toda la cuenca del Amazonas. El estudio fue desarrollado por investigadores de la Universidad San Francisco de Quito, Instituto Nacional de Biodiversidad (Inabio), The Nature Conservancy y Escuela Politécnica Nacional.
Según los expertos Daniel Escobar Camacho, Jonathan Valdiviezo Rivera, Carolina Carrillo Moreno, Pablo Argüello y Kelly Swing, este hallazgo supera a la de otras reservas amazónicas de tamaño comparable o mayor, destacándola como un punto crítico de biodiversidad específicamente para los peces. Esto representa el segundo grupo de vertebrados más rico en especies después de las aves en esta área protegida.
La diversidad se debe a múltiples factores ecológicos y biogeográficos. La convergencia de ríos de aguas blancas y negras sustenta comunidades de peces distintivas, típicas de aguas blancas ricas en sedimentos y aguas negras ricas en taninos. Los principales ríos de esta zona han sido históricamente moldeados por conexiones cambiantes y aislamientos que fomentan la diversificación marina. La conexión del Yasuní con la Amazonía central probablemente facilita una extensa diversificación simpátrica en la zona occidental.
Cabe destacar que esta lista actualizada no reporta especies introducidas, lo que lo destaca como una de las pocas áreas protegidas de Ecuador donde las poblaciones de peces nativos. La investigación señala que las comunidades indígenas dependen de al menos 72 especies para consumo, comercio y usos medicinales, siendo los grandes pimelódidos (bagres) depredadores los que se ven especialmente destacados. Las preocupaciones de conservación incluyen 19 especies amenazadas.
Los estudios de diversidad de peces en esta zona natural comenzaron en la década de 1980 con exploraciones ictiológicas de la cuenca del río Napo, lideradas por el Museo Field de Chicago y la Escuela Politécnica Nacional del Ecuador. Durante más de dos décadas, la investigación documentó 550 especies de peces de agua dulce en la cuenca del río Napo, incluidas 253 especies dentro del Yasuní, que limita al este con Perú y al oeste con la Reserva Étnica Waorani.
Este nuevo estudio añadió 205 especies a las 253 enumeradas previamente hasta 1994, lo que representa un incremento del 80 % en la riqueza de especies. Este aumento sustancial se atribuye principalmente a una expansión significativa del área de muestreo, que abarca zonas que no fueron incluidas anteriormente.
Comunidad
La transición del parque desde el piedemonte andino hasta las llanuras de inundación de tierras bajas sustenta ecosistemas únicos, incluidos los bosques siempreverdes de tierras bajas, los bosques de várzea de las llanuras aluviales amazónicas y andinas, los bosques inundables de palmas y los pastizales lacustres-riparios. Alberga tres nacionalidades indígenas —shuar, kichwa y waorani— y contiene territorio ancestral waorani, donde dos clanes viven en aislamiento voluntario.